感染を逃れたわずかな＜人間たち＞は、ウイルスが蔓延した本土から離れ、孤島に身を潜めている。
対岸の本土にいる感染者から身を守るため、島の人々は見張り台を建て、武器を備え、コミュニティの中の厳しいルールに従って“安全に”生活している。そこに暮らす家族が、ある任務を実行するために島を出て本土に向かおうとしている。父親のジェイミー（アーロン・テイラー=ジョンソン）と息子のスパイク（アルフィー・ウィリアムズ）だ。
「その子にはまだ早い」と言う人々の忠告に対し、ジェイミーは「大丈夫だ」と島民を説得し、２人は頑丈な門の外に出る。本土と島をつなぐのは一本の土手道だけ。そして、島を離れて本土に行けば、誰も救助には来ない——。
美しく、緑豊かな大自然が広がる本土だが、感染者はどこに潜んでいるか分からない。弓矢を構えて森を抜ける２人の前に、変わり果てた姿の＜感染者たち＞が現れる。
人間の頭蓋骨が積み上げられた塔。人間が、人間ではなくなっている世界——。そんな世界で２人は、驚くべきことに感染を逃れて生きている人間＝ケルソン博士（レイフ・ファインズ）に出会う。　彼は語る「感染者は進化している、もう別物だ。」と。